Надо ли платить НДС с предоплаты?

НДС с предоплаты надо платить. Позже, когда произойдет отгрузка товара или реализация работ (услуг), уплаченная сумма может быть зачтена в качестве налогового вычета.
По общему правилу, вычетам подлежат суммы налога на добавленную стоимость, исчисленные налогоплательщиком с сумм оплаты, частичной оплаты, полученных в счет предстоящих поставок товаров (работ, услуг).
Но, если реализация или отгрузка произошла не на всю сумму аванса, вычет можно произвести, исходя из стоимости реально отгруженных товаров (выполненных работ/услуг), в оплату которых подлежат зачету суммы предоплаты.