Доходы самозанятого, например, от сдачи в аренду квартиры, не облагаются НДФЛ. С этих доходов самозанятый платит НПД.
Соответственно, такие доходы физлицу не нужно отражать в декларации 3-НДФЛ.
Физические лица, применяющие указанный специальный налоговый режим, освобождаются от обложения НДФЛ в отношении доходов, являющихся объектом обложения налогом на профессиональный доход.